Amigos,
A questão não é bem assim. A questão é complexa, mas vou tentar ser didático. Vejam que o fato gerador do IPVA é o fato de o contribuinte possuir veículo automotor no mês de janeiro. E o pagamento do imposto, ainda que em três parcelas, acaba te garantindo pelo resto do ano, até o fatídico janeiro do ano seguinte. Desta feita, vc paga o imposto (à vista ou parcelado), por um exercício fiscal todo. Assim, no caso de furto, roubo ou perda total, a lei em referência permite a compensação do período EM QUE VC NÃO TERÁ MAIS A PROPRIEDADE DO CARRO. Desta feita, ainda que o carro seja transferido a terceiro (e, no caso de seguro, não se está transferindo o carro, mas o "salvado" à seguradora), o pleito de restituição é cabível.
Como eu disse no início do post, a questão é complexa. De modo ou outro, a secretaria da fazenda, ao menos em são paulo, presta boas orientações sobre essa questão.
POST MESMO DE UTILIDADE PÚBLICA ESTE!!!!!